依据破产法第六十四条第二款的法律规定，债权人如果有异议债权会议的决议，可以在十五日内向法院请求行使撤销权。这一条款并不适用于本文讨论的场景。因为该条款主要是规范债权人与债权人会议之间的关系，而不是债权人与破产管理人之间的关系。该条款要求债权人向法院请求撤销决议，而非起诉。

对于本文涉及的情况，我们可以参照破产法第五十八条第二款的规定。该条款指出，如果债权人对破产管理人编制的债权表存在异议，可以向受理破产的人民法院提起诉讼。而这一条款并未对起诉的期限做出具体限制。

针对如果破产管理人对债权人有意不确认债权，增加清欠难度的问题，我们可以从以下几个方面进行分析和解决。从程序上讲，这种情况会引发诉讼，而诉讼是有成本的。如果破产管理人在诉讼中被法院判决承担败诉责任的可能性较大，那么债权人会议可能会对管理人投出反对票。因为破产管理人需要向债权人负责，所以他们可能会避免使自己陷入败诉的风险。破产管理人通常是由具有法律知识和专业修养的组织和机构担任，且保持中立地位。在大多数情况下，他们没有必要故意为难个别债权人。在破产程序中，破产人的原管理班子通常会被冻结，其影响力在破产程序中会被限制，因此不必担心他们会操纵破产管理人。

为了提升破产程序的科学化水平，我们可以从以下三个方面着手：一是促进法院作出更加公正公平的判决；二是选择中立的破产管理人组织；三是严格控制破产人原有的管理班子的影响力。通过这些措施，我们可以更好地保护债权人的权益，使破产程序更加公正、透明和高效。