一、当公司违反法律法规或公司章程，对股东的股权转让施加限制，或是通过股东会决议或董事会决议强制转让股权，甚至擅自决定股权转让价格、付款时间及其他相关条件，这便是对股东权利的侵犯。在这种情况下，受到侵害的股东可以选择以公司为被告，提起侵权诉讼。

二、若股东认为其优先购买权被侵犯而提起诉讼，那么应当将股权转让方和受让方列为被告。如果股权转让已经由公司申请并完成了变更登记，那么公司应当作为第三人参与诉讼。

三、在股份有限公司中，若公司以当年利润分配新股，或者股东大会对向原股东发行新股的种类及数量作出决议，而这一行为侵犯了股东的优先购买权，那么受侵害的股东可以以公司为被告提起侵权诉讼。

四、如果公司未能及时更新股东名册，或者在工商行政管理部门未及时进行变更登记，股权转让方和受让方均有权以公司为被告提起办理转让手续请求权之诉。若转让合同中约定了转让方有协助义务但转让方不予以协助，受让方可以选择将转让方和公司一同作为共同被告提起诉讼。

五、当股权转让合同的受让方与转让方之间就股权转让合同的效力或其执行产生纠纷时，原则上只将转让方和受让方列为当事人，通过他们之间的协商或诉讼来解决纠纷。

总结来说，在公司股权转让过程中，各方应遵循法律法规和公司章程的规定，确保各方权益得到保障。如遇到纠纷，应明确诉讼主体资格，合理选择诉讼策略，以维护自身合法权益。