与法定的强制性股权转让限制不同，章程性质的股权转让限制更具有自治性。它是指通过公司章程为股权转让设定特定的条件约束。基于章程的股权转让限制，通常是在法律允许范围内进行的。

为何基于章程的股权转让限制多数依照法律进行呢？实质在于法律对章程在股权转让方面的权限进行了界定。也就是说，除非法律规定了特定的限制措施，否则章程原则上不得设置更多的股权转让限制条款。这种方式的股权转让限制体现了法律的灵活性，即法律并不直接对股权转让进行限制，而是赋予投资者通过章程自主决定是否对股权转让加以约束。基于章程的股权转让限制更贴合私法自治的精神。

在实践中，基于章程的股权转让限制通常主要以公司是否同意转让、董事会是否承认等方式作为主要的限制手段。这样做的目的在于尽可能地为公司经营者维持股东的人合构成提供便利，满足各类公司（包括股份有限公司）封闭性经营的社会需求。

关于依章程的股权转让限制对股权转让协议效力的影响，多数观点倾向于相对无效说。也就是说，如果股权转让违反了章程的限制，或者未按照章程要求获得公司的同意与承认，那么这种转让对于公司而言不具有对抗效力。但针对协议双方而言，不能仅以此违反章程限制为由主张协议无效。尽管我国法律未对依章程的股权转让限制作出明确规定，但在公司诉讼中，确实存在依据公司章程对股权转让进行限制的案例。

在处理此类案件时，首先要审查依章程的股权转让限制措施是否合法，例如上市公司的股权转让通常不应受到任何限制。即使依章程的股权转让限制措施合法，也不能仅凭此自治性质的限制断然否定股权转让协议的法律效力。要在充分理解法律规定和公司章程的基础上，综合考虑各种因素，做出合理的判断和裁决。