在商界运营中，公司股东的权利行使需遵循法律规定。A与B同为C公司的自然人股东，但A并未参与C公司的日常经营，公司的印章、证照等由B掌管。而D作为E公司的自然人股东，先后于不同日期与C公司签署协议，借C公司之名对E公司进行增资。经此操作，C公司在E公司的工商档案中成为了挂名股东，占股高达87.5%。

在未经股东会议召开及未通知A的情况下，C公司竟与B、D私下签订了股权转让协议，将E公司的部分股权进行了转让。A认为此举严重侵害了他的合法权益，进而提出了疑问：他能否请求法院判定这份股权转让协议无效？

对此，首先需理清D与C公司之间的增资协议是否具有法律效力。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司股东的变更及增资行为均需向公司登记机关进行登记。在本案中，C公司的增资款项确实已转入E公司账户，并完成了工商注册登记，因此C公司已成为E公司的合法股东。

进一步观察C公司与B、D之间的股权转让行为，我们发现这一过程未经过股东会议的决议。根据法律规定，涉及公司经营方针、投资规划等重大决策的事项应当通过股东会决议。B作为实际控制C公司的股东和高级管理人员，未经合法程序便擅自与自己或他人签订股权转让协议，显然违反了法律的规定。D作为知情人，也未能确保股权转让符合公司法的程序要求，而是与B恶意串通。

根据相关法律规定，12日C公司与B、D签订的股权转让协议因违反了法律的强制性规定而无效。A作为被侵害的股东，其诉讼请求应当得到法律的支持。

公司股东在行使权利时必须遵循法律法规及公司章程的规定，不得滥用股东权利损害其他股东或公司的利益。任何违反法律程序的股权转让行为都将被视为无效。本案例的教训在于提醒所有股东和公司管理者，尊重法律程序、保障各方权益是商业活动中不可或缺的一环。