1996年，王某与刘某等人共投创建公司。初期公司运作良好并获得盈利。然而至2000年，公司出现以下问题：

一、公司新增股东未通知王某，且王某被剥夺了股东权利。

二、公司使用王某名字伪造股东决议及私刻印章制作假章程。

三、王某因公司侵权行为面临重大损失，包括失去查阅财务账册的权利和公司决策的知情权。

详细分析：

王某为维护自身在公司中的合法权益，将公司和刘某告上法庭，要求赔偿其损失。但诉讼过程中遇到重重障碍。一方面，现行《公司法》在股东权益保护方面规定尚显模糊，如对如何界定公司侵权及赔偿数额等缺乏明确规定。

根据《公司法》相关条款，董事、经理应遵守公司章程，忠实履行职务。但关于公司如何具体承担侵犯股东权益的责任，法律条文尚显不足。《公司法》虽提到股东可对违法行为提起诉讼，但在实际操作中，赔偿问题往往难以落实。

在本案中，王某作为出资者已履行投资义务，成为公司股东并参与各项设计与谈判工作。但公司却剥夺其股东权利、伪造股东决议、使用假冒签名等手段侵害其合法权益。这些都违背了其作为股东的权益和所尽的义务。即使如此，因《公司法》中关于股东撤资的限制，使得王某无法直接从公司撤出投资款作为赔偿。对于如何区分公司财产中王某原本的投资部分与赔偿款部分也成为一个难题。

从实际角度看，王某的投资初衷是希望通过投资获得更多收益和公司未来利益。但因公司侵权行为，王某不仅未能获得公司红利，还失去了最基本的股东权利。这无疑对王某的投资行为造成了实际损失和可得利益的损失。这种损失并非由经营风险造成，而是由于公司的违法行为所致。

为保护股东权益、维护市场公平交易秩序，应明确公司在侵权行为下的赔偿责任和赔偿方式。例如，除了以投资款作为赔偿标准外，还可考虑以其他形式如利息、未来可期待利益等进行赔偿。法律应明确规定在何种情况下法院可干涉公司的股东会决议，以更好地保护股东的合法权益。

结论：

此案的背后暴露出我国《公司法》在保护股东权益方面的不足。只有完善相关法律条文、明确赔偿责任和赔偿方式，才能真正保护投资者的合法权益，促进市场的健康发展。对于本案中的王某来说，她所遭受的损失绝非仅仅是投资款的简单退回，而是对其信任与期望的深深背离。我们希望相关法律和司法实践能尽快跟进完善。

我们不仅要在纸面上看到法律的公正和严谨，更要在每个案件的背后感受到法律对每个个体的温暖和关怀。在这个意义上讲，每一次公正的判决都是对法治精神的最好诠释和践行。关于公司运营状况及股东权益受损导致的盈利与亏损问题。在此案例中，王某无法获得预期的投资收益并非是由于市场或经济环境的发展变化，而是由于公司股东会违背公司章程，侵害股东权益等人为因素所致。我们认为相关责任人应承担由此产生的赔偿责任。王某无法享受到投资带来的预期权益和利益损失，即为原告所遭受的损失。

我们主张应赔偿股东投资多年来的利息。虽然此观点尚待进一步论证，但我们认为，股东向公司投资后，在正常情况下理应有机会获得红利。如果公司的亏损真的是由于经营风险所导致，王某自然无法要求公司支付其利息。当前的情况是，公司的种种侵权行为导致公司商业信誉受损，同时也让王某丧失了盈利的机会。在这种情况下，公司未获利的风险不应由王某来承担。为了对侵权行为进行惩戒，应当支付王某多年来投资的利息，以减轻其承担风险的责任。

我们还需深入分析和研究相关法律规定，确保赔偿请求在法律框架内得到妥善处理。应加强对公司运营状况的监管，防止类似侵权行为的再次发生，以保护股东权益不受损害。