公司股权确认争议指的是在公司中，股东之间或是股东与第三人之间，因公司股东的身份和持股比例的争议，进而寻求法院作出裁决所产生的纠纷。依照我国公司法的要求，公司成立的基础是股东间的协议，并确保足额出资，并获得工商部门的正式登记。在此过程中，许多法律文件都会明确公司的股东身份和持股比例，成为日后股权确认的关键证据。

这些证据包括但不限于公司股东发起人协议、公司章程、出资证明、股东会议记录、公司经营决策文件、股东名册以及工商部门的登记文件等。这些文件在司法裁判中扮演着重要角色，可作为判断是否享有公司股权的依据。目前，司法裁判的标准已经从单纯依赖工商部门登记文件，转变为内外有别的原则。

也就是说，在解决股权确认纠纷时，法院不再仅仅依据工商部门的登记来判定股权归属。而是根据实际情况，从形式到实质进行全面审查。如果纠纷不涉及第三方，法院会综合考虑上述证据，并根据案件事实作出裁决。但如果涉及到第三方，法院会倾向于维护社会交易的稳定性和公平原则，以工商登记部门的文件为准，保护第三方的合理信赖利益。

在涉及公司与股东的关系上，股东名册具有最高的权威性。名册上登记的股东有权向公司主张其权利。在没有相反证据的情况下，股东名册就是股东资格的证明。而那些实质上的权利人，如果尚未完成股东名册的登记或名义变更，则无法向公司主张股东权利。

在股东之间的关系中，股权确认通常需要审查出资证明、股东会决议等实际投资行为，以及股东间关于股权安排的真实意愿和协议等相关事实。