在分公司结束运营的过程中，关于资产损失的申报扣除应该参照相关税法以及国家税务总局的规定进行操作。具体流程如下：分支机构的各项财产损失需要经过所在地主管税务机关的审核，并获取相应的审核证明。在分支机构注销后的15天内，总公司需要向主管税务机关提交注销情况的备案报告。总公司和其分支机构除了按照纳税申报规定向主管税务机关提交资料外，还需要额外提交《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》、财务会计决算报告以及职工工资总额情况表等重要文件。在获得主管税务机关的审核证明后，总公司可以向所在地主管税务机关进行资产损失的申报扣除。

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