当公民去世后，其遗产依法由其继承人继承。股东的投资作为个人合法财产，在股东去世后，其继承人也可以依法继承。根据新公司法的相关规定，自然人股东的合法继承人可以继承股东资格。当继承人继承股东资格后，他们将成为公司的股东，享有股权、资产权益以及参与重大决策等各项股东权利。

虽然新公司法规定“继承人可以继承股东资格”，但这也并非绝对。公司章程中如果有另外的规定，那么这些规定将优先适用。也就是说，如果公司章程规定自然人股东去世后其继承人不能继承股东资格，那么这种情况下的继承人就无法继承股东资格。这是因为有限责任公司具有人际关系的特性，自然人股东的继承人与公司的其他股东之间不一定存在相互信任的基础。如果某些股东不希望他们的继承人继承其股东资格，那么在制定或修改公司章程时，可以明确规定自然人股东去世后其继承人不能继承股东地位。在这种情况下，虽然继承人可以继承股东的出资额，但他们并不能当然地成为公司的股东。

对于股权转让协议是否有效，还需结合具体情况而定。如果公司章程没有相关规定，则股权转让协议仍然有效；反之则需依据公司章程的具体规定来处理。