公司股东在转让其出资时，应在股东发生变动的30日内向有关部门提交变更登记申请，同时需准备以下文件和证件：

1. 公司法定代表人签署的《企业变更登记申请书》；

2. 股东出资转让协议；

3. 上一届股东会议决议记录，其中应详细载明转让方、受让方、转让股权的具体数额以及转让后的最新股本结构；

4. 新一届股东会议决议，内容包括修改公司章程及其他相关变更事项；

若股东内部进行出资转让，且在股东人数不变的情况下，只需制定一份股东会议决议即可，即将新一届和上一届股东会议决议合并；

5. 章程修正案，列明章程变动的详细对照表或全新的公司章程；

6. 由全体股东签署的《确认函》；

7. 新加入股东的法人资格证明或个人身份证明；

8. 若在股权转让过程中，转让方或受让方为国有或城镇集体单位，需提交资产管理部门审查同意的意见书；

9. 《公司股东（发起人）名录（法人版）》及《公司股东（发起人）名录（自然人版）》；

10. 提交公司营业执照的正副本原件，以及由工商局档案室提供的、加盖工商局档案专用章的该公司章程复印件。

以上文件及证件需齐全并符合要求后，方可进行公司股东出资变更登记。