个人独资企业与个体工商户在经营方面存在一些明显的差异。个人独资企业必须拥有固定的生产经营场所和合法的企业名称，这是其成立的基本条件。而个体工商户则可以选择不起字号名称，甚至可以在没有固定生产经营场所的情况下进行流动经营。

个体工商户的投资者与经营者是同一人，必须是自然人来投资设立个体工商户。但在个人独资企业中，投资者与经营者可以是不同的人，投资人可以委托或聘用他人来管理企业事务。这种差异使得个人独资企业更符合现代企业制度的特征，其所有权与经营权可以分离。而个体工商户的所有权与经营权则集中在投资者身上，难以适应现代企业制度的发展需求，更适合小规模的经营主体。

个人独资企业还有一个优势，那就是可以设立分支机构。企业可以根据需要，在登记管理机关辖区内或异地设立分支机构，并由设立该分支机构的个人独资企业承担责任。这是一个相当大的优势。而根据规定，个体工商户则不能设立分支机构。虽然个体工商户可以异地经营，但近年来各地简化了外来人员的登记手续，使得这一规定的实施逐渐淡化。从整体规模来看，个人独资企业的规模通常要大于个体工商户。

个人独资企业与个体工商户在经营方面各有特点，企业可以根据自身的需求和实际情况选择适合自己的经营形式。