该制度的设立旨在为企业公司注册资金的灵活使用及经营活动提供法律上的便利。其弊端也不容忽视，特别是新设立的公司注册资金未到位所带来的法律问题尤为严重。这些问题已经引起了公司法修改立法的高度关注。

一、独资公司注册资金未到位问题

未出资的公司进行大额交易时，若无法支付货款，易构成违约行为。若货款分文未付，且出现逃避债务情形，可能触犯刑法规定的合同诈骗罪。在民法理论上，若投资者未在法定注册资金投入期内完成出资，则公司需承担无限责任，不能享受有限责任。

二、独资公司注册资金部分投入问题

即使投资者投入的部分资金达到了《公司法》规定的设立有限责任公司的标准金额，在对外承担的责任上，该投资者仍需承担注册资金范围内投足注册资金的义务，才能享受有限责任。这种情况违背了民商活动应遵循的公平、平等、诚实信用原则。当公司经营额达到或超过注册资金时，因注册资金未投足，可能导致履行无能，损害合法交易方的利益，涉嫌合同诈骗罪。即使事后补足注册资金，也无法弥补已造成的损失。

三、合资企业一方分文未到位问题

在设立有限公司过程中，若出现合资一方未在法定期间缴纳认缴的注册资金，却享有合资合同约定的投资比例、参与决策和分配的现象，尤为突出。特别是大型企业依合同约定占较大比例的注册资金却分文未到位，反而根据合资合同及公司章程行使资金控制权和支配权，出现“没出资的控制资金，出资的控制不了资金”的怪现象。这不仅使出资方的合法权益受到损害，而且破坏了公司法人制度，严重干扰了公司参与市场经济的秩序。

针对出资不到位的问题，解决方法主要是通过立法赋予股东、职工、债权人更多的救济手段，以最大限度地保护相关方的合法权益。包括明文规定公司章程的内容、决策权的获取以实际出资到位为条件、明确规定出资股东的权利等。

5、《公司法》明确规定，工商行政管理机关在处理公司变更事宜时，涉及到公司注册资金变更、股东变更以及股民权利变更等事项，只要获得实际出资三分之二以上的股东决议同意，即可办理相应的变更手续。

6、对于独资公司的注册资金未投入或未足额投入的情况，债权人或职工有权向该独资公司的出资人追索赔偿，而该出资人需要承担无限责任。对于上述规定，结合目前实行的直接登记制与以往的准则主义制和审批主义制相比，其利弊共存。为了完善公司制度，更好地保护公司、股东、债权人和职工的合法权益，有必要将上述立法思考纳入公司法的修订议程中。此次修改旨在确保公司法的核心原则得到充分贯彻和实施，为各利益相关方提供更为全面的法律保护。