在判定国有企业法人股转让协议的效力时，法院会依据以下若干方面进行深入审查：

合法性审查：法院首要考虑的是股权转让是否符合相关法律法规的规定。《企业国有资产法》等法律明确指出，国有股权的转让需经过出资人职责机构（如国资委或财政部门）或同级人民的批准，并完成评估备案或核准的流程。

程序正当性：法院还会考察股权转让过程是否公开透明，是否在经过法定设立的产权交易机构中完成。比如，是否采用了拍卖、招投标或者协议转让等方式，并是否遵循了上市公司国有股权管理以及证券监管的相关规定。

手续完备性：如果法律规定合同需办理登记手续，但未指明登记后生效，那么未办理登记的合同在法院看来可能是未生效的。

意向协议的风险考量：对于在股权挂牌前与意向受让人签署的意向协议，法院的判断会根据具体案例的情况有所不同。

尊重优先购买权：在相同的条件下，原公司股东享有优先购买权，这一点法院在判定时会予以充分考虑。

实际损失的评估：若法院认定国有企业在股权转让准备过程中产生了实际损失，这可能会影响对股权转让协议效力的判断。

未经审批的影响：虽然对此存在争议，但通常情况下，未经批准的国有资产转让在法律上可能不被认定为有效。

总体而言，法院在判断国有企业法人股转让协议的效力时，会综合考虑法律遵守情况、程序透明度、手续完备性以及是否尊重其他股东的优先购买权等多方面因素。在具体案件中，法院将根据案件的具体情况和相关法律法规进行裁决。

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