我公司初始注册资本为五十万元，我作为股东出资三万元，占股比例达到百分之六，这一事实有“股东证”作为凭证。随着公司的发展，其资本已增长至二百万元。按照常理，我应占有的股份价值应为十二万元。公司"规定"这十二万元被细分为三万基本股和九万效益股。公司要求我接受退还的三万元初始股本，也就是所谓的"基本股"，以便收回我的股东证。

公司还制定了一项规定：一旦我离开公司，将不再享有效益股的权利。对于这样的操作流程，我心中不禁产生了疑虑，不知其是否有不合法的成分。

关于公司是否有权退还基本股并收回股东证的问题，我的回答是：在无增资或减资的情况下，股东的出资比例是固定的。如果公司的净资产发生变化，那么股东的权益也会相应变化，但这仅在股权转让或公司清算时才有实际意义。将公司操作解读为只是会计处理的问题似乎更为合适。我公司的操作似乎缺乏法律依据，并且可能损害了股东的权益。

股东的权益源于其出资，这与劳动关系是两个不同的概念。股东享有基于出资产生的权益，无论是否在职或离职。也就是说，无论我是否在公司工作，我所享有的股东权益不会因此而受到影响。

如果在公司成立之初或认购公司股份之时，股东之间有合同约定在特定情况下转让股份，只要这些约定不违反法律的强制性规定，那么这些约定就是有效的。这并不代表公司可以随意更改或取消这些约定。

我公司的操作流程似乎存在一些不合法之处，且可能对股东的权益造成损害。我建议公司重新审视其操作流程，并考虑是否需要寻求法律咨询以确定其操作的合法性。我也需要进一步了解我的权益，并考虑采取适当的行动来保护我的利益。