依照《民法典》的规定，一项民事法律行为要生效需满足三大要素：行为人要具备法定行为能力，其意愿必须真实并且不违法违规，且不损害社会公共利益。当机关与企业之间在合法自愿的前提下签订借款合同，这份合同便具备了法律效力。接下来，我们将通过123律师网(12364.com)为您详细解读相关法律规定。

关于机关与企业的借款合同是否有效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的规定，一个民事法律行为要想生效，必须满足以下条件：行为人要具备相应的民事行为能力，其表达的意思必须真实且明确，同时不能违反任何法律或行政法规的强制性规定，也不能违背公共秩序和善良风俗的基本原则。如果机关与企业之间签订的借款合同能够满足上述所有条件，那么这份合同就是有效的，具有法律约束力。

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的协议。借款合同应当采用书面形式，除非自然人之间的借款有特殊约定。借款合同的条款通常包括借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等。

关于借款合同中能否同时主张罚息和违约金的问题。在债务纠纷中，可以同时主张延迟支付利息和违约金条款。这是因为利息支付是由协议双方协商决定的，而违约金则属于违约责任的范畴。根据最新的《中华人民共和国民法典》的规定，如果合同中已经约定了延迟付款的违约金，那么在违约方支付违约金之后，仍然需要履行其还款义务。

机关与企业之间的借款合同在满足一定条件下是有效的，在债务纠纷中也可以同时主张罚息和违约金。具体的法律适用需要根据实际情况进行具体分析，建议在涉及此类问题时咨询专业律师。