在一个刑事案件中，公安机关、人民检察院以及人民法院常常会出现职能管辖冲突的问题。究竟哪个机关拥有管辖权，有时难以明确。此类冲突主要发生在犯罪嫌疑人犯数罪的情形，可能出现在立案之前，也可能出现在立案后的侦查或审理过程中。以下是对实践中常见的职能管辖冲突及其解决方案的简要分析。

一、当刑事追诉者犯数罪，部分罪行属于人民法院管辖的自诉案件，部分属于公安机关或人民检察院管辖的公诉案件时，解决此类管辖冲突，不仅要考虑诉讼效率和打击犯罪的便利性，更要保障诉讼参与人的诉讼权利，维护当事人的合法权益。通常的做法是，对两类罪行分别由有管辖权的机关立案调查，适用不同的审判程序进行审理，并实行数罪并罚，一并宣判。

二、对于犯罪嫌疑人犯有数罪，各罪分别属于公安机关和人民检察院管辖的情况，解决冲突可以遵循以下原则：

1. 次罪随主罪管辖。在立案前，如果能分清主罪和次罪，应由对主罪有管辖权的机关统一侦查，次罪的管辖机关积极配合。

2. 优先管辖。如果主罪和次罪难以分清且无法通过协商解决的，由最先接到报案等材料的机关立案侦查。若在侦查过程中发现新罪行，根据已查明的罪行重要性确定主侦机关。

三、特殊案件管辖冲突的解决办法：

1. 对于非数罪案件的管辖冲突，如想象竞合犯与牵连犯罪、吸收犯等，一般应由对重罪有管辖权的机关管辖，除非法律另有规定。

2. 当公检法三机关对案件定性存在分歧时，首先应当协商解决。协商无果的，由最先接到报案等材料的机关立案侦查。之后根据查明的事实和法律规定，正确认定案件性质并作出恰当处理。

解决职能管辖冲突需兼顾诉讼效率、打击犯罪和保护诉讼参与人的权利，确保案件的公正处理。