在处理婚内财产约定的诉讼时效有分歧的问题时，首先需要明确《中华人民共和国民法典》规定的一般民事诉讼时效为三年，除法律另有规定外。如果双方在婚姻关系存续期间已经签订了有关财产分割的书面协议，且该协议符合法律规定，则任何一方均可依据该协议向人民法院提起诉讼要求按照协议内容进行财产分割。如果双方没有签订任何书面协议，或者现有的协议不符合法律规定，那么在离婚时，一方可以向法院提出家庭财产分割的请求。对于这种情况，通常不存在特别的诉讼时效限制。如果一方就婚内财产约定提起诉讼时效有分歧，另一方应积极应对，向法院提供相关证据以证明自己的主张，并根据具体情况考虑提起反诉或采取其他法律措施来保护自身权益。