股权转让是指公司股东依法将其持有的股权有偿转让给他人的行为，这是一种常见的民事法律行为。在某有限公司中，股东高某和刘某分别持有85%和15%的股份。高某在未召开股东会并书面通知刘某的情况下，与万某、方某签订了股权转让协议，将全部股份转让给他们，其中万某持有65%，方某持有20%。

股权转让协议约定了300万元的股权转让费用，但至今尚有100万元未支付。在得知高某的股权转让行为后，刘某提出了异议，并向法院提起诉讼，要求确认股权转让协议无效。

关于这份股权转让协议的效力，存在两种观点。一种认为协议有效，理由是刘某长期与万某、方某共同经营公司，且已知股权转让事实，但未主张优先购买权，可视为同意转让。另一种则认为协议无效，因为股权转让未征得刘某同意，侵犯了其优先购买权，违反了公司法的规定。

要解决这个问题，首先要明确股权转让合同与股权变动的区别。合同的生效并不等同于股权的自动变动。股权转让合同只是产生卖方将股权让渡给买方的合同义务，并不直接导致股权的变动。法院或仲裁机构不能仅因股权未变动而否认股权转让合同的效力。

在认定股权转让协议的效力时，应区分合同生效要件和权利变动结果。股东优先购买权的行使只影响股权变动的结果，不影响股权转让合同的效力。要注意第三人的善恶意图。如果第三人为恶意，侵犯了股东的优先购买权，那么优先权人可以主张合同无效或撤销权。如果第三人为善意，则第三人可主张债务不履行的救济，而优先权人仍可要求出让方配合完成股权变动。

无论股权是否实际移转于第三人，股东都可以根据优先购买权对抗第三人的主张，获得应有的股权。公司法等相关法律法规也提供了相应的权利救济途径，以保护股东的合法权益。

以上是关于一起股权转让纠纷的解析和探讨，对于类似事件的处理具有一定的参考意义。