股东通过公司章程可以对股权转让进行一定限制。根据新《公司法》的规定，对于有限责任公司，股东可以在公司章程中对股权转让作出修改或补充。这种限制是符合立法目的的，为了保护股权的自由转让、维护公司的人合信赖关系以及保障其他股东的利益。

关于公司章程限制股权转让的效力问题，我国《公司法》虽然赋予了股东通过章程对股权转让进行限制的权利，但并没有明确规定在章程限制与法定限制发生冲突时应该如何处理。也没有明确规定当当事人违反公司章程中的股权转让限制时，相关合同的效力应如何认定。

公司章程可以在一定范围内对股权转让进行限制，但这些限制必须符合立法目的和法律强制性规定。章程的限制不能过于严格，不能使得股权转让变得极度困难或者完全不可能。尽管公司章程可能没有直接禁止股权转让，但如果通过其他条件和程序的设置使得股权转让无法实现，这应被视为变相禁止股权转让，并应被认定为无效。

公司章程可以制定比《公司法》更严格的股权转让限制条件，以更好地符合公司实际情况，更有效地保护公司和股东的利益，而不损害社会公共利益。这些限制条件不能低于《公司法》所设定的条件。因为，《公司法》中的限制性规定是一种基本要求或最低条件。如果公司章程的限制严于《公司法》的规定，那么依照公司章程进行的股权转让也会满足《公司法》的条件。

在股权转让过程中，既要符合《公司法》的规定，也要符合公司章程的限制性规定。如果违反公司章程的限制，对于公司来说可以对抗，公司可以拒绝股权登记要求并拒绝受让人行使股权。但对于转让协议的双方来说，不能仅凭违反公司章程规定主张协议无效。违反公司章程规定的股权转让协议在双方当事人之间仍然是有效的，受让人可以根据合同的责任条款追究转让方的违约责任。

公司章程对股权转让的限制必须在法律框架内进行，不能低于《公司法》的法定条件，并且这些限制必须公示才能对第三方产生效力。