公司设立协议是发起人在公司设立过程中订立的关于公司设立事项的协议，其性质属于合伙协议。它的主要作用是明确发起人之间的关系，调整设立过程中的法律关系和法律行为。

公司章程则是由公司的投资者制定的，对公司、股东以及公司的管理人员具有约束力的内部自治规则。它规定了公司的内部组织关系和经营行为，具有自治性，违反章程的股东需承担相关责任。

公司设立协议与公司章程有一致性和许多相似之处。例如公司名称、注册资本、经营范围、股东构成、出资形式和数额等是公司章程和设立协议中必须明确的事项。公司章程通常会以设立协议为基础，涵盖公司的组织机构、股份转让、增资、减资、合并分立以及公司终止的情形等内容。

尽管公司设立协议与公司章程的目标具有一致性，它们的性质和功能却有所不同。它们的效力期间不同。设立协议是在公司成立前调整公司设立过程中的法律关系和法律行为，一旦发起人达成一致并签字盖章即具有法律效力。而公司章程则是在公司成立之后生效，对股东具有约束力。

公司设立协议并不是公司设立的必要法律文件。而公司章程则是公司设立的必备法律文件，任何公司的登记成立都必须提交公司章程。只有在股份有限公司中，才规定了发起人必须签订发起人协议。《公司法》也明确指出，股份有限公司的发起人需要承担公司筹办事务，并签订明确的发起人协议，以明确各自在公司设立过程中的权利和义务。

第三，公司设立协议是要式法律文件，根据当事人之间的意思表示形成，更多地体现了当事人的意志和要求，需要遵守民法典的一般规则。而公司章程则是依据公司法制定，必须遵循法律、行政法规的规定，不能违反其前提。

公司设立协议与章程的约束对象不同。设立协议是全体发起人之间订立的，主要调整的是发起人之间的关系，并在发起人之间具有法律约束力。而公司章程则调整股东之间、公司与股东之间以及公司治理机构之间的法律关系，对原始发起人股东及后续加入的股东都具有约束力。在公司成立后，应以公司章程作为准则。当设立协议与公司章程发生冲突时，应以公司章程为准，而设立协议则只对原始发起人具有约束力。