在新订《公司法》下，对于公司非正常运行期间少数股东权益保护进行了全面的制度设计。

对于公司经营管理出现严重困难的情况，特别是股东、董事间矛盾激化导致的僵持状态，使公司无法正常运营时，少数股东有权行使解散公司的权利。这一权利是新订《公司法》中新增加的内容，针对持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，在无法通过其他途径解决困境时，可向法院申请解散公司。由于该权利的行使可能导致公司清算甚至法人资格消灭，在理论界和司法实践中均主张对该权利的行使进行一定限制，坚持“用尽内部救济原则和利益均衡原则”，旨在防止权利滥用给公司带来不必要的损失。针对这种情况，建议通过内部和外部的股份转让来解决公司僵局，以打破僵持状态，保护少数股东的权益，同时最大限度地保持公司的存续。

新订《公司法》还引入了直接诉讼和代位诉讼制度。直接诉讼是股东基于其公司所有权人的身份提起的，旨在强制执行其请求权的诉讼。而代位诉讼，又被称为派生诉讼或代表诉讼，指的是当公司的利益受到侵害，而公司未追究侵权人责任时，符合法定条件的股东为了公司的利益以自己的名义提起诉讼。这项制度的引入旨在保护少数股东的利益，防止大股东滥用权利损害公司和其他股东的利益。代位诉讼的提起权是股东的共益权，源于公司而非股东个人。为了防范股东滥用该权利，新订《公司法》在制度设计上设置了两个限制性条件，包括主体要求和提出书面请求的程序要求。

新订《公司法》在保护少数股东利益方面进行了全面加强，同时限制了控制股东的权利滥用。它不仅改变了原《公司法》在股东权益保护方面的片面和简单之处，而且大胆吸收了英美法系和大陆法系在少数股东保护方面的先进制度。这一改变提高了我国在少数股东权益保护方面的立法水平，为少数股东权益的维护提供了切实保障。