由于我国众多公司在设立和运营过程中存在诸多不规范之处，加之公司立法尚存缺陷，股权确认纠纷案件已成为民商事审判中的焦点和难点。尽管新公司法针对这一问题有所突破，在相关规定中明确了股东名册和工商登记的重要性，但我们不能简单地认为这些登记就是股权确认的唯一依据。

从实际的司法实践来看，对于股权确认的标准，现阶段主要倾向于采取区分原则，即根据内部关系和外部关系进行分别处理。

对于涉及股东与第三人的外部关系纠纷，我们主要应审查工商登记的内容。工商登记对于善意第三人具有宣示股东资格的功能，第三人可依赖登记材料的真实性。即使登记内容存在瑕疵，按照商法的公示主义和外观主义原则，第三人仍可基于对该登记内容的信赖，要求工商登记的股东按登记内容对外承担责任。但需要注意的是，工商登记本身并没有创设股权的效力，其属于证权性登记，而非设权性登记。

当纠纷涉及公司与股东间的关系时，我们应着重审查股东名册的记载来确认股权。股东名册具有推定效力，在没有相反证据的情况下，应视为股东资格的证明。实质上的权利人在未完成股东名册登记或名义变更前，不能向公司主张股东权利。而当公司依法对股东名册上记载的股东履行了必要义务后，即可免除责任。

至于涉及股东间关系的纠纷，股权确认应主要审查出资证明、股东会决议等相关事实，实际投资及股权安排的真实意思表示也应纳入考虑范围。尽管出资证明或出资事实是股东证明其出资的主要证据之一，但股东未实际出资或出资不足，并不意味着其必然丧失股东资格。新公司法相关规定也表明，未出资的股东主要应承担补足出资的责任或向其他股东承担违约责任，其股东身份并未被否定。在涉及股东间内部关系时，我们更应该尊重他们关于股权安排、股权比例等问题的真实意思表示，并根据实际情况进行股权确认。

股权确认问题涉及多个方面，需结合具体情况综合考虑，既要审查相关登记文件，也要关注股东间的真实意思表示及实际行为。