公司针对股东的股权转让行为有多种限制方式。其中包括规定员工离职时必须撤资退股或转让出资、股东死亡时限制其继承人继承股份，以及规定股东只能将股权转让给公司其他股东等。这些限制是否合法，需要具体情况具体分析。

对于有限责任公司来说，由于不仅是资合组织，还是人合组织，股东间的合作非常重要。特别是在员工持股的企业中，员工的角色以及他们之间的协作对公司的运营至关重要。对于股东人数较少的公司，其他股东也有权选择合作伙伴。在符合法律及行政法规的规定下，公司的相关限制是合法有效的。

当员工离开公司时，可能的情形有很多种。对于员工主动辞职或公司辞退员工的情形，要求持股员工转让其出资或股份具有一定的合理性。因为这些员工的股东权益是基于劳动关系而产生，而非基于出资。在这种情况下，不再为公司服务的员工不应继续享有股东权益。对于退休员工，强制其转让股份并不合理，他们已经为公司的积累做出了贡献。

值得注意的是，一些公司规定离职员工必须撤资或由公司收购其股份，这有可能违反公司法的相关规定。更可行的做法是由其他股东受让股份。在没有股东愿意受让的情况下，应按照持股比例或由控股股东受让，否则应允许向股东以外的人转让。

在员工死亡的情况下，根据法律规定，其股东权益本应由继承人继承。但是考虑到其他股东的接受程度，可以允许公司其他股东以合理价格受让死亡员工的股份。

公司在限制员工股权时，必须确保不侵犯股东的合法权益。公司应在章程中对这些事项作出合法、均衡的约定。这样在处理员工离职或死亡时的股份问题时，就能避免纠纷和诉讼，确保公司的稳定发展。在设定这些限制时，公司也应保障股东的权益，比如提供透明的退出机制和合理的补偿方式。